諸葛亮的軍事才能一直被人懷疑，主要有兩個原因：一是《三國志》作者陳壽對諸葛亮軍事才能的評價。
陳壽的評價有兩句話，第1句是：然亮才，於治戎為長，奇謀為短，理民之幹，優於將略。
陳壽的第2句話評價是：然連年動眾，未能成功，蓋應變將略，非其所長歟！
陳壽在這裡肯定了諸葛亮的治軍才能和理政才能，並指出謀略是諸葛亮的短處，首先需要明白一個問題：治軍是軍事才能的一部分，謀略同樣是軍事才能的另一部分。
而且陳壽認為諸葛亮北伐沒有成就大業的原因是，隨機應變和統帥軍隊不是諸葛亮的特長，而是他的短處。陳壽在這裡用了一個大概， 因為他也不是軍事家，只是文學家和史官，對於軍事問題，陳壽只能根據自己的直觀判斷來下結論。
二是很多人認為諸葛亮北伐沒有成功，歷經6年的5次北伐，不僅興師動眾、勞民傷財、損失將士，而且還沒有成功。一個沒有成功的戰|爭，當然是一個失敗的戰|爭，這是一種成王敗寇的思想。
說了這麼多，那諸葛亮在蜀漢的軍事功績有哪些：
一、戰略能力
隆中對戰略應該是三國時期最著名的政治軍事戰略吧，諸葛亮為當時還是寄居于劉表手下的劉備提出的戰略，要知道當時的劉備兵不過數千，還是劉表支援的，將不過關羽、張飛、趙雲，屈指可數，要地盤沒地盤，要資源沒資源，諸葛亮憑藉什麼誇下海口？
要知道隆中對戰略的最高規劃是統一天下，以當時劉備的實力，換了其他人，恐怕連想也不敢想吧，自從諸葛亮投靠並輔佐劉備後，劉備開始一帆風順，赤壁之戰後拿了荊南四郡，又借來了南郡，幾年以後，又拿下了益州，緊接著又在漢中打敗曹操拿下漢中，僅僅十年的時間，劉備勢力發展到了頂峰，佔據整個益州、漢中郡以及荊州三個郡，隆中對幾近實現。
二、治軍能力
司馬懿在諸葛亮去世，蜀軍退兵後，視察了諸葛亮的營寨和住所，然後說了一句話：諸葛亮真是天下的奇才啊！司馬懿為什麼會這麼說？這就是諸葛亮的治軍能力，陳壽也說過諸葛亮是「治戎為長」，也就是治軍能力是一流的。
所謂的治軍能力，指的就是治理軍隊的能力，軍隊不是一天生成的，需要長期的治理，包括嚴肅軍紀、安營紮寨、招募士卒、訓練士卒、鼓舞士氣、後勤補給、提升戰鬥力等，關羽大意失荊州，劉備大意敗夷陵後，整個蜀漢政權四面危機，再加上國內叛亂四起，南中地區脫離了蜀漢的勢力，在這種危急的情況下，諸葛亮挺身而出。
諸葛亮以為劉備守孝的名義，對軍隊進行了整頓與訓練，關羽失掉了荊州所有的軍隊，劉備又失去了蜀漢能征慣戰的那一批士卒與將領，剩下的都是一些未上戰場與新招募來的士兵，而且士氣低落，僅僅2年時間，諸葛亮就能率領軍隊南征南中，用了一年時間平定了南中叛亂。
並且此次南中獲取了很多物資，諸葛亮打仗所需的花費都從南征中賺了回來，同時收編了南中地區的很多軍隊為蜀漢所用，比如無當飛軍，這是用南中的少數民族武裝的軍隊，戰鬥力強，適合山地作戰。
諸葛亮又用了2年時間，準備了北伐所需要的兵員、物資、糧食，從劉備去世到諸葛亮北伐只有5年時間，這5年中， 諸葛亮不僅平定了南中的叛亂，而且讓蜀漢具備了北伐的實力，這是能力是看不見、摸不著的，但又是諸葛亮具備而別人不具備的，這就是諸葛亮的治軍能力，所以才有陳壽與司馬懿的稱讚。
此外，諸葛亮發明了木牛流馬用以運輸糧食，改進了諸葛連弩這種遠端攻擊武器，為了北伐，開始在前線進行屯田，準備將北伐長期化，這都是諸葛亮治軍能力的體現，整個三國比治軍能力的話，諸葛亮是一流的。
三、軍事思想
在軍事專家的眼中， 整個三國時期只有曹操與諸葛亮有軍事思想，其他的將領就不在眼中了，三國有多少名將？
關羽、張飛、周瑜、陸遜、司馬懿、鄧艾、姜維，全部比不上諸葛亮的軍事思想，整個三國，只有諸葛亮的軍事思想能與曹操相抗衡，這是近代我軍軍事專家的結論，軍事思想的內容非常多，包括但不限於這些內容：戰|爭觀、軍事方法論、戰略思想、作戰指導思想、軍隊建設思想、國防思想等等。
內行看門道，外行看熱鬧，對於諸葛亮來說，外行看的是他的輸贏，而內行看的是他的軍事思想，軍事思想對於推動戰|爭思想有著進步作用，中國幾千年的軍事思想就是一代又一代的軍事家積累、實踐、撰寫而流傳下來的。
李世民和李靖一致認為陳壽在《三國志》中對諸葛亮的軍事能力評價是不對的，認為陳壽是史官，不懂軍事，所以不能正確評價。至少李靖、李世民、李勣對諸葛亮的軍事才能是倍加推崇的，這也是諸葛亮能在唐朝進武廟十哲的原因之一。
如果諸葛亮不懂軍事，這些人會推崇諸葛亮嗎？李靖可是唐朝的戰神，其能力不亞于兵仙韓信，而李世民則更是唐朝優秀的軍事家， 無論是古代還是近代的軍事家，都對諸葛亮推崇倍至，還有人懷疑諸葛亮的軍事能力嗎？
所以， 陳壽對諸葛亮關於軍事的評價是片面的，以成王敗寇思想來評價諸葛亮的軍事能力也是不全面的，諸葛亮能進武廟成為十哲之一，就是因為他強大的軍事能力，這種能力是古往今來無數軍事家認可的。
